Генотипическое прогнозирование лекарственной устойчивости ТБ и управление лечением - последние данные о регистрации на июль 2020 г.

Базы данных

Данные фенотипической устойчивости к туберкулезу

Выполняется фенотипический анализ штаммов МЛУ из лабораторий Санкт-Петербурга и Кишинева, включая сбор основных характеристик пациентов из больничных карт. Этот сборник ляжет в основу геномного эпидемиологического исследования штаммов МЛУ в Восточной Европе и внесет вклад в анализ результатов лечения новым препаратом бедаквилин для лечения МЛУ-ТБ. В конце концов, эта когорта будет использована для тестирования производительности geno2pheno [TB]. Данные БД поступают из центров в России и Молдове.

Данные TB WGS

Полногеномное секвенирование (ПГС) штаммов МЛУ в лабораториях Борстеля и Санкт-Петербурга. Исследование включает повторное культивирование (при необходимости) и выделение микобактериальной ДНК, а также согласование протоколов между Борстелом, Кишиневом и Санкт-Петербургом. Данные WGS также будут обрабатываться с помощью прототипа geno2pheno. Прогнозы устойчивости будут оцениваться по золотому стандарту pDST, полученному ранее. Данные БД поступают из центров в России и Молдове.

Лекарство от его нечистоты

Разработка алгоритма машинного обучения для прогнозирования лекарственной устойчивости на основе данных WGS (geno2pheno). Начиная примерно с 1200 опубликованных наборов данных WGS и доступных результатов pDST, обучаются предварительные модели и сравниваются различные алгоритмы. С этой целью были оценены различные методы контролируемого обучения. Наконец, версия geno2pheno [TB] будет оцениваться с когортой из «данных по фенотипической чувствительности к лекарственным средствам» и «данных TB WGS» для прогнозирования наилучшей схемы лечения с учетом последних руководств по лечению туберкулеза.

Этот проект получил финансирование от исследовательской и инновационной программы Horizon 2020 Европейского Союза в рамках грантового соглашения № 825673.

КОНТАКТЫ

Francesca Incardona

 

f.incardona@euresist.org